Le bouchon lyonnais désigne un restaurant de petite taille servant une cuisine de tradition, dans une salle au mobilier simple, nappes à carreaux et tables serrées. L'origine du mot est discutée : il renverrait soit au bouchon de paille ou de branchages que les aubergistes accrochaient au-dessus de leur porte, soit au geste de bouchonner les chevaux dans les relais de poste. L'appellation n'étant pas protégée, une association de restaurateurs attribue depuis les années 1990 un label qui distingue les établissements respectant une charte portant sur les plats servis, la fabrication sur place et l'accueil. Ce label se repère à une plaque apposée en façade et constitue le repère le plus fiable dans le centre, où l'enseigne seule ne garantit rien.

Le répertoire des bouchons s'est constitué à partir des morceaux les moins coûteux et des produits de la région. Le tablier de sapeur est une tranche de gras-double, c'est-à-dire d'estomac de bœuf, panée et grillée. La quenelle, à base de semoule ou de farine mêlée de brochet, se sert nappée d'une sauce Nantua à l'écrevisse. Le saucisson chaud cuit dans un bouillon et s'accompagne de pommes de terre tièdes, la rosette et le jésus relevant de la charcuterie sèche. La cervelle de canut, malgré son nom, est un fromage blanc battu avec de la ciboulette, de l'échalote et du vinaigre, hérité du repas des ouvriers de la soie. Les grattons, le gâteau de foies de volaille et la salade lyonnaise à l'œuf poché complètent l'ensemble. Le service traditionnel commence par une série de petites assiettes, appelée mâchon lorsqu'elle est prise en milieu de matinée.
Les mères lyonnaises forment une lignée de cuisinières qui ont tenu les maisons de la ville entre la fin du dix-neuvième siècle et l'après-guerre. Employées d'abord dans les familles bourgeoises, elles ouvrent leurs propres établissements et imposent une cuisine de produit, exigeante sur la cuisson et sur la sauce. La Mère Brazier, la Mère Filloux et la Mère Guy comptent parmi les plus connues. Eugénie Brazier obtient trois étoiles pour deux maisons simultanément en 1933, ce qui lui vaut une place particulière dans l'histoire de la cuisine française. Plusieurs chefs reconnus, dont Paul Bocuse, ont été formés dans ces cuisines, ce qui explique la continuité entre la tradition des bouchons et la gastronomie étoilée de l'agglomération.
Le marché de la Croix-Rousse, installé sur le boulevard du même nom, réunit maraîchers, fromagers et producteurs plusieurs matinées par semaine. Celui des quais de Saône, sur la rive droite entre les ponts Bonaparte et Alphonse-Juin, se tient en fin de semaine et concentre une offre importante de produits régionaux. Les Halles de Lyon Paul Bocuse, rue Garibaldi, rassemblent une cinquantaine de commerçants sous un même toit, avec des comptoirs de dégustation sur place. Les horaires sont ceux du commerce alimentaire : ouverture matinale et fermeture en début d'après-midi pour les marchés de plein air, journée continue aux Halles sauf le lundi.
Les vignobles les plus proches de Lyon sont ceux du Beaujolais au nord et des Côtes du Rhône septentrionales au sud. Le beaujolais, produit à partir du cépage gamay, accompagne la charcuterie et les plats en sauce du répertoire local, et se sert légèrement rafraîchi. Les crus du nord du vignoble, parmi lesquels Morgon, Fleurie et Moulin-à-Vent, offrent des vins de plus longue garde que le beaujolais nouveau mis en vente chaque automne. Côté Rhône, les appellations Côte-Rôtie et Condrieu, situées à une cinquantaine de kilomètres au sud, se trouvent sur la plupart des cartes. Le pot lyonnais, bouteille épaisse à fond large contenant quarante-six centilitres, reste le contenant servi dans les bouchons.